A possible R bug? [R for BE/BA]

posted by yjlee168 Homepage – Kaohsiung, Taiwan, 2016-02-09 19:14 (1958 d 12:57 ago) – Posting: # 15965
Views: 22,523

Dear mahmoud-teaima & useR,

After checking the dataset, there are two errors found:
...
5,1,2,0.5,_
...
23,2,2,0.25,<
...

However, bear/R still run without any warning message. Then some weird things happened. R totally misinterpreted the input data for all subjects. For example,
subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02 <- correct one!
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00  <NA>

 Tmax, Cmax = 6 614 <- Cmax = 614 at 6 hr? how come? :confused:
 
 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00        0.00
   19   1   2    2  0.25       38.40
   19   1   2    2  0.50       47.86
   19   1   2    2  1.00      105.70
   19   1   2    2  1.50      117.36
   19   1   2    2  2.00      124.71 <- correct one!
   19   1   2    2  2.50       66.82
   19   1   2    2  3.00       55.15
   19   1   2    2  3.50       39.34
   19   1   2    2  4.00       27.11
   19   1   2    2  5.00       18.35
   19   1   2    2  6.00       10.50
   19   1   2    2  8.00        7.37
   19   1   2    2 10.00        3.43
   19   1   2    2 24.00 0.250763777

 Tmax, Cmax = 8 560  <- Cmax = 560 at 8 hr? :confused:

If I replaced the underline with 'NA' for subject #5, then everything was back to normal.

subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00    NA

 Tmax, Cmax = 3.5 77.02

 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00   0.0000000
   19   1   2    2  0.25  38.4000000
   19   1   2    2  0.50  47.8600000
   19   1   2    2  1.00 105.7000000
   19   1   2    2  1.50 117.3600000
   19   1   2    2  2.00 124.7100000
   19   1   2    2  2.50  66.8200000
   19   1   2    2  3.00  55.1500000
   19   1   2    2  3.50  39.3400000
   19   1   2    2  4.00  27.1100000
   19   1   2    2  5.00  18.3500000
   19   1   2    2  6.00  10.5000000
   19   1   2    2  8.00   7.3700000
   19   1   2    2 10.00   3.4300000
   19   1   2    2 24.00   0.2507638

 Tmax, Cmax = 2 124.71

Very interesting dataset. :ponder:

All the best,
-- Yung-jin Lee
bear v2.9.0:- created by Hsin-ya Lee & Yung-jin Lee
Kaohsiung, Taiwan http://pkpd.kmu.edu.tw/bear
Download link (updated) -> here

Complete thread:

Activity
 Admin contact
21,530 posts in 4,499 threads, 1,524 registered users;
online 10 (0 registered, 10 guests [including 6 identified bots]).
Forum time: Monday 09:12 CEST (Europe/Vienna)

Young man, in mathematics you don’t understand things.
You just get used to them.    John von Neumann

The Bioequivalence and Bioavailability Forum is hosted by
BEBAC Ing. Helmut Schütz
HTML5