A possible R bug? [R for BE/BA]

posted by yjlee168 Homepage – Kaohsiung, Taiwan, 2016-02-09 19:14 (1692 d 17:48 ago) – Posting: # 15965
Views: 22,203

Dear mahmoud-teaima & useR,

After checking the dataset, there are two errors found:
...
5,1,2,0.5,_
...
23,2,2,0.25,<
...

However, bear/R still run without any warning message. Then some weird things happened. R totally misinterpreted the input data for all subjects. For example,
subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02 <- correct one!
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00  <NA>

 Tmax, Cmax = 6 614 <- Cmax = 614 at 6 hr? how come? :confused:
 
 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00        0.00
   19   1   2    2  0.25       38.40
   19   1   2    2  0.50       47.86
   19   1   2    2  1.00      105.70
   19   1   2    2  1.50      117.36
   19   1   2    2  2.00      124.71 <- correct one!
   19   1   2    2  2.50       66.82
   19   1   2    2  3.00       55.15
   19   1   2    2  3.50       39.34
   19   1   2    2  4.00       27.11
   19   1   2    2  5.00       18.35
   19   1   2    2  6.00       10.50
   19   1   2    2  8.00        7.37
   19   1   2    2 10.00        3.43
   19   1   2    2 24.00 0.250763777

 Tmax, Cmax = 8 560  <- Cmax = 560 at 8 hr? :confused:

If I replaced the underline with 'NA' for subject #5, then everything was back to normal.

subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00    NA

 Tmax, Cmax = 3.5 77.02

 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00   0.0000000
   19   1   2    2  0.25  38.4000000
   19   1   2    2  0.50  47.8600000
   19   1   2    2  1.00 105.7000000
   19   1   2    2  1.50 117.3600000
   19   1   2    2  2.00 124.7100000
   19   1   2    2  2.50  66.8200000
   19   1   2    2  3.00  55.1500000
   19   1   2    2  3.50  39.3400000
   19   1   2    2  4.00  27.1100000
   19   1   2    2  5.00  18.3500000
   19   1   2    2  6.00  10.5000000
   19   1   2    2  8.00   7.3700000
   19   1   2    2 10.00   3.4300000
   19   1   2    2 24.00   0.2507638

 Tmax, Cmax = 2 124.71

Very interesting dataset. :ponder:

All the best,
-- Yung-jin Lee
bear v2.8.9:- created by Hsin-ya Lee & Yung-jin Lee
Kaohsiung, Taiwan http://pkpd.kmu.edu.tw/bear
Download link (updated) -> here

Complete thread:

Activity
 Admin contact
21,082 posts in 4,397 threads, 1,468 registered users;
online 10 (0 registered, 10 guests [including 1 identified bots]).
Forum time: Monday 14:02 CEST (Europe/Vienna)

A central lesson of science is that to understand complex issues
(or even simple ones), we must try to free our minds of dogma and
to guarantee the freedom to publish, to contradict, and to experiment.
Arguments from authority are unacceptable.    Carl Sagan

The Bioequivalence and Bioavailability Forum is hosted by
BEBAC Ing. Helmut Schütz
HTML5