Bioequivalence and Bioavailability Forum

A possible R bug? [🇷 for BE/BA]

posted by yjlee168  – Kaohsiung, Taiwan, 2016-02-09 20:14 (2990 d 15:17 ago) – Posting: # 15965
Views: 23,761

Dear mahmoud-teaima & useR,

After checking the dataset, there are two errors found:
...
5,1,2,0.5,_
...
23,2,2,0.25,<
...
However, bear/R still run without any warning message. Then some weird things happened. R totally misinterpreted the input data for all subjects. For example,
subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02 <- correct one!
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00  <NA>

 Tmax, Cmax = 6 614 <- Cmax = 614 at 6 hr? how come?
 
 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00        0.00
   19   1   2    2  0.25       38.40
   19   1   2    2  0.50       47.86
   19   1   2    2  1.00      105.70
   19   1   2    2  1.50      117.36
   19   1   2    2  2.00      124.71 <- correct one!
   19   1   2    2  2.50       66.82
   19   1   2    2  3.00       55.15
   19   1   2    2  3.50       39.34
   19   1   2    2  4.00       27.11
   19   1   2    2  5.00       18.35
   19   1   2    2  6.00       10.50
   19   1   2    2  8.00        7.37
   19   1   2    2 10.00        3.43
   19   1   2    2 24.00 0.250763777

 Tmax, Cmax = 8 560  <- Cmax = 560 at 8 hr?

If I replaced the underline with 'NA' for subject #5, then everything was back to normal.

subj seq prd drug  time  conc
   18   1   2    2  0.00  0.00
   18   1   2    2  0.25  4.17
   18   1   2    2  0.50 12.99
   18   1   2    2  1.00 18.23
   18   1   2    2  1.50 25.69
   18   1   2    2  2.00 42.52
   18   1   2    2  2.50 57.78
   18   1   2    2  3.00 66.04
   18   1   2    2  3.50 77.02
   18   1   2    2  4.00 27.46
   18   1   2    2  5.00 15.65
   18   1   2    2  6.00  9.24
   18   1   2    2  8.00  7.43
   18   1   2    2 10.00  0.92
   18   1   2    2 24.00    NA

 Tmax, Cmax = 3.5 77.02

 subj seq prd drug  time        conc
   19   1   2    2  0.00   0.0000000
   19   1   2    2  0.25  38.4000000
   19   1   2    2  0.50  47.8600000
   19   1   2    2  1.00 105.7000000
   19   1   2    2  1.50 117.3600000
   19   1   2    2  2.00 124.7100000
   19   1   2    2  2.50  66.8200000
   19   1   2    2  3.00  55.1500000
   19   1   2    2  3.50  39.3400000
   19   1   2    2  4.00  27.1100000
   19   1   2    2  5.00  18.3500000
   19   1   2    2  6.00  10.5000000
   19   1   2    2  8.00   7.3700000
   19   1   2    2 10.00   3.4300000
   19   1   2    2 24.00   0.2507638

 Tmax, Cmax = 2 124.71

Very interesting dataset.

Complete thread:

• bear v2.7.0 released yjlee168 2015-12-07 09:18 
  • Suggestion ElMaestro 2015-12-07 10:12
    • Suggestion yjlee168 2015-12-07 10:55
      • Suggestion Helmut 2015-12-07 14:01
        • Suggestion yjlee168 2015-12-07 18:51
  • bear v2.7.0 released Astea 2015-12-10 16:36
    • if Clast is zero in bear yjlee168 2015-12-10 17:23
      • if Clast is zero in bear Astea 2015-12-10 20:50
        • if Clast is zero in bear yjlee168 2015-12-11 03:28
          • if Clast is zero in bear Astea 2015-12-11 09:39
            • if Clast is zero in bear yjlee168 2015-12-11 17:16
      • bear v2.7.1 yjlee168 2015-12-15 10:21
        • bear v2.7.1 Astea 2015-12-15 19:32
          • BLLOQ ≠ 0 with measured drug plasma conc. yjlee168 2015-12-15 20:17
            • BLLOQ ≠ 0 with measured drug plasma conc. Helmut 2015-12-16 01:45
              • BLLOQ ≠ 0 with measured drug plasma conc. yjlee168 2015-12-16 11:38
                • BLLOQ ≠ 0 ∀ t > 0 Helmut 2015-12-16 12:40
                  • BLLOQ ∋ { 0, ≈0, BLLOQ{...} ∀ t > 0} yjlee168 2015-12-16 18:22
                    • BLLOQ at first two time ponts, AUC calculation Astea 2016-01-30 17:11
                      • zero-zero with AUC calculation in bear yjlee168 2016-01-30 19:00
                        • BQL rules in bear mittyri 2016-02-01 22:16
                          • BQL rules in bear yjlee168 2016-02-02 10:59
                          • possible solutions? yjlee168 2016-02-02 21:30
                          • zero (0), missing (NA), or BLLOQ (0 or NA) in bear yjlee168 2016-02-03 09:04
                            • zero (0), missing (NA), or BLLOQ (0 or NA) in bear mahmoud-teaima 2016-02-08 21:28
                              • Please avoid Full Quotes (“TOFU”)! Ohlbe 2016-02-09 00:51
                                • error message in bear mahmoud-teaima 2016-02-09 04:55
                              • please check your dataset file yjlee168 2016-02-09 06:40
                                • please check your dataset file mahmoud-teaima 2016-02-09 15:00
                                  • please check your dataset file yjlee168 2016-02-09 15:38
                              • A possible R bug?yjlee168 2016-02-09 19:14